福建醫科大學附屬第二醫院始建于1881年，原名“惠世醫院”，為英國教會醫院。1973年隸屬福建醫科大學成為附屬第二醫院。醫院是福建省首批通過衛生部評審的四家三級甲等綜合醫院之一，是我省主要的醫療、教學、科研、畢業后教育基地之一，是博士、碩士研究生學位授權點單位，是福建省南部區域醫療中心領銜醫院、福建省呼吸醫學中心建設依托醫院。

醫院設鯉城和東海兩個院區，鯉城院區占地24.57畝，東海院區占地322.6畝；醫院編制床位2000張，年門急診量150萬人次，住院量近8萬人次，現有員工2700多人，其中高級職務人員344人，博、碩士637人,博士生導師13人，碩士生導師105人，教授、副教授129人。在國際學會任理事、委員等學術任職2人，國家級學（協）會委員以上學術任職90人次、省級學（協）會副主任委員以上學術任職43人次。

醫院歷來以外科技術精湛著稱，上世紀四、五十年代率先在泉州地區開展大、中型外科手術，并為泉州地區培養了大批醫學骨干力量。近年來，醫院在各方面取得長足發展，學科發展水平整體處于省內先進；免疫學和變態反應專業、皮膚病專業、超聲診斷專業、腫瘤科（中西醫結合）等專科被列入省級臨床重點專科；介入呼吸病學、低視力康復、產前超聲醫學等亞專科躍入國內先進；呼吸與危重癥醫學科、免疫風濕科、超聲醫學科、眼科、皮膚醫學美容、中西醫結合腫瘤科、生殖醫學等多個專科或亞專科處于省內領先水平。胃腸外科、甲乳外科、骨質疏松、脊柱外科、關節外科、肝膽胰外科、重癥醫學科、泌尿外科、婦產科、內分泌與代謝病科、心血管內科、神經內科、血液內科、腎臟內科、消化內科、腫瘤化療科、放射治療科等專科或亞專科處于省內先進水平。

醫院獲頒國家人力資源和社會保障部博士后科研工作站，是國家藥物臨床試驗機構，與美國Salus大學合作成立國際聯合低視力康復教育中心，入選全國首批專科醫師規范化培訓基地、中國醫師協會呼吸內鏡醫師培訓基地、國家呼吸臨床研究中心核心成員單位、PCCM專科醫師規范化進修基地，獲全國首批PCCM科規范化建設三級醫院優秀單位，與長庚科技大學聯合建立呼吸治療培訓基地,承擔“省域重大疾病診療能力提升項目（肺癌綜合診療）”；是福建醫學會變態反應學分會、福建超聲醫學工程學會、海峽兩岸醫藥衛生交流協會海西介入呼吸病學專業委員會、中國殘疾人康復協會康復工程與輔助技術專業委員會視障輔助技術專業學組、中國輔助技術研究所視障輔助技術研究中心、福建省低視力康復指導組、福建省視障康復技術指導中心、福建醫科大學肝膽胰疾病數字化技術臨床應用中心掛靠單位；獲國家級皮膚醫療美容示范基地、國家心血管疾病診療質量監測基地、國家心肺預防與康復協作網示范中心、中國心衰中心認證單位、全國臨床藥師培訓基地、國家衛生計生委腦卒中篩查與防治基地、中國卒中學會綜合卒中中心、國家衛計委腦防委高級卒中中心、中國胸痛中心認證成員單位、中國肺癌聯盟肺結節診治分中心、國家標準化代謝性疾病管理中心（MMC）、中國糖網篩防中心、骨質疏松癥防治合作基地、國家痛風規范診治中心、骨科機器人遠程手術中心創建單位、全國靜脈血栓防治中心優秀單位、全國出生缺陷防治人才培訓項目培訓協同單位、國家藥品不良反應中心哨點醫院、中華醫學會骨密度測量質量控制合格認證單位等，人類生殖輔助技術IVF通過國家資質評審，是中國婦幼保健協會“母嬰友好醫院”、福建省產前診斷中心、福建省危重癥孕產婦轉診救治網絡醫院、泉州市疑難急危重癥和孕產婦搶救中心。

醫院作為福建醫科大學第二臨床醫學院、國家級住院醫師規范化培訓基地和省級醫學繼續教育基地之一，設有13個專業國家級住培基地、1個國家級專培基地、25個醫學教研室。醫院倡導“創新、求實、嚴謹、規范”實驗室室訓，依托睡眠醫學省高校重點實驗室、視障輔助技術福建省高校工程研究中心、自身免疫病研究室、介入超聲研究室、肝膽研究二室、耳鼻喉研究室、手外科研究室、糖尿病研究室、腎病研究室、骨科生物力學研究室、睡眠呼吸研究室、肝膽胰疾病數字化技術臨床應用中心等12個研究室和中心實驗室，大力開展醫學科學研究。

醫院高度重視與國內外的學術交流，與美國紐約大學、日本山梨醫科大學、日本鹿兒島大學、荷蘭自由大學、臺灣長庚科技大學、英國皇家國立骨科醫院、美國加州大學、新西蘭奧塔哥大學、美國希望之城醫院、美國紐約西奈山呼研所、意大利米蘭大學等機構及學者建立了合作關系，聘任數十名國內外專家作為醫院客座教授、特聘教授、高級專家。

醫院獲全國醫院文化建設先進單位、福建省文明單位、福建省平安醫院等榮譽。