1979年伴隨深圳經(jīng)濟特區(qū)成立更名為深圳市人民醫(yī)院。1994年被評為深圳首家“三級甲等”醫(yī)院，1996年經(jīng)國務院僑辦批準成為暨南大學醫(yī)學院第二附屬醫(yī)院，2005年升格為暨南大學第二臨床醫(yī)學院。現(xiàn)已發(fā)展成為一個功能齊全、設備先進、人才結(jié)構(gòu)合理、技術力量雄厚，集醫(yī)療、科研、教學、住院醫(yī)師規(guī)培、保健為一體的深圳市最大的現(xiàn)代化綜合性醫(yī)院。

醫(yī)院擁有國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地及國家全科醫(yī)師技能培訓中心；作為暨南大學第二臨床醫(yī)學院、暨南大學第二臨床醫(yī)學院博士后創(chuàng)新實踐基地。醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學科經(jīng)過嚴格遴選成為國家首批、廣東省廣州市外唯一的國家專培基地。2015年成立了深圳市人民醫(yī)院轉(zhuǎn)化醫(yī)學協(xié)同創(chuàng)新中心，將整合所有重點實驗室、醫(yī)學工程中心（平臺）和博士后教育基地，解決應用不連貫的問題，建設統(tǒng)一的免疫生化、分子生物、基因檢測和動物模型建設的基礎實驗室，同時因應各專科需求增設特異功能裝備，并以此作為我院的主要科研基地，進行醫(yī)院重大臨床研究和臨床技術研究。2017年獲國家科技進步獎二等獎一項，包攬了“深圳市第一屆住院醫(yī)師規(guī)范化培訓臨床技能競賽”團隊一等獎、二等獎及全部單項獎冠軍。醫(yī)院現(xiàn)有內(nèi)科學、外科學、婦產(chǎn)科學、兒科學等16個教研室。目前有博士生導師13名，碩士生導師85名。現(xiàn)已招收碩士生730余名、博士生40余名，本科生260余名。每年招收臨床實習生近130余名，進修生 120余名。

多年來，醫(yī)院不斷選送有培養(yǎng)前途和發(fā)展?jié)摿Φ膶I(yè)技術骨干前往美國耶魯大學、加州大學、斯坦福大學、紐約長老會哥倫比亞與康奈爾大學醫(yī)院、邁阿密大學醫(yī)學院、賓州大學醫(yī)學院、哈佛大學醫(yī)學院（ 附屬麻省總醫(yī)院、貝絲以色列女執(zhí)事醫(yī)學中心）、休斯頓衛(wèi)理公會全球健康服務中心，德國雷根斯堡大學醫(yī)院、英國桑德蘭大學、比利時布魯塞爾大學、澳大利亞科廷大學、加拿大SFU大學、新加坡國立大學醫(yī)院、香港中文大學威爾士親王醫(yī)院、香港大學瑪麗醫(yī)院等國際知名學府進修學習，掌握本專業(yè)的新知識、新技能、新動態(tài)，全方位加深對醫(yī)學科學的認識和了解，莘莘學子在國際醫(yī)學領域中錘煉成長。

醫(yī)院積極開展高層次、國際性的交流與合作，先后與德國紐倫堡大學醫(yī)學院、不萊梅港中心醫(yī)院、英國倫敦大學、加拿大西大略大學器官移植中心、美國休斯敦衛(wèi)理公會醫(yī)院、法國里爾大學醫(yī)療中心、韓國全南大學校病院、韓國大田宣醫(yī)院建立起長期合作與交流平臺，締結(jié)友好醫(yī)院，與國際醫(yī)學大舞臺進一步交融。國內(nèi)交流與合作：醫(yī)院與廣州呼吸疾病研究所鐘南山院士呼吸內(nèi)科團隊、解放軍總醫(yī)院陳香美院士腎內(nèi)科團隊、解放軍總醫(yī)院張旭教授泌尿外科團隊、中國醫(yī)科大學附屬第一醫(yī)院徐克教授介入科團隊、北京大學第一醫(yī)院霍勇教授心內(nèi)科團隊、四川大學華西醫(yī)院劉進教授麻醉科團隊、北京大學第一醫(yī)院丁炎明教授護理團隊、蘇州大學附屬第一醫(yī)院江蘇省血液病研究所阮長耿院士血液內(nèi)科團隊、復旦大學附屬華山醫(yī)院顧玉東院士手外科團隊、首都醫(yī)科大學北京醫(yī)學中心耳鼻咽喉醫(yī)院韓德民院士耳鼻咽喉團隊、山東大學齊魯醫(yī)院張運院士超聲心動圖團隊、Robert Malenka院士腦認知科學團隊、北京協(xié)和醫(yī)院曾小峰教授風濕免疫團隊、倫敦大學學院加里羅伊爾教授腫瘤學團隊、美國西北大學Seema Khan教授及約翰霍普金斯教授乳腺外科團隊等共22家知名學科團隊簽訂“三名工程”合作協(xié)議，加大了引才的力度，為醫(yī)院帶來了前所未有的發(fā)展機遇，醫(yī)院的綜合競爭力大大提高。