2014年醫院獲得達芬奇手術機器人和TOMO放療系統兩項甲類配置證，其中泌尿外科達芬奇手術量全國三甲。卒中中心入選國家示范中心，卒中中心、胸痛中心、創傷中心通過省建設單位驗收，胸痛中心成為的南京地區胸痛中心質控單位，房顫中心被授予首批中國房顫中心及房顫中心示范基地，心衰中心通過全國首批心衰中心認證。為全省孕產婦急危重癥救治指導中心和全省應急緊急醫學救援基地。許多醫療技術如嚴重脊柱畸形治療、間質干細胞治療免疫性疾病、小切口治療復雜心臟疾病、大血管大手術、干細胞修復子宮內膜、生殖醫學、移植技術、機器人手術、內鏡診療等技術水平居于全國前列并在區域形成引領。

把握南京大學“雙一流”建設和南京市創新名城建設的契機，做好與學校院系的深層次對接，加快基礎與臨床研究的高度融合。近年來獲得國家杰出青年基金、優秀青年基金等科研項目870余項，近年來榮獲國家科技進步二等獎3項，省科學技術一等獎10項，中華醫學獎18項，其他省科學技術獎40余項，共計各類科技成果300余項，一大批代表性文章發表在主流期刊上。Nature出版集團自然指數排名全國第5位、江蘇第1位。在科技部2017年中國科技論文統計中，鼓樓醫院SCI論文發表數全國第28位，上升8位；作為第一作者國際合著論文發表數第20位，上升17位。2014年以來，鼓樓醫院與美國霍普金斯合作，共同開展國際化標準化住院醫師規范化培訓。2018年入選國家教學培訓示范中心。

醫院落實公立醫院改革任務，醫藥價格綜合改革運行平穩順利，藥占比連續多年位居全省較低水平。成為全省新農合醫院管理專家成員單位。鼓樓醫院以擔當社會責任為突破口，不斷彰顯醫院公益性。1996年組建大型醫院集團——南京鼓樓醫院集團，目前包括19家醫療單位。2015年以來，醫院與30家基層醫療單位和社區衛生服務中心建立了區域協同的醫療合作模式。醫院借助集團平臺、對口支援平臺、南京市暨鼓樓醫院遠程醫學會診中心、南京遠程影像診斷中心平臺等，幫助受援醫院全面提升綜合水平，使當地群眾得到了實惠。在鼓樓醫院幫扶下，2018年高淳人民醫院晉級三級醫院，宿遷市人民醫院通過晉級三甲醫院。

醫院圓滿完成H7N9禽流感防治、蘇州爆炸傷員救治、青奧會醫療保障等各項應急保障任務。醫院與美國、德國、澳大利亞、日本等國家和地區建立交流合作，醫護人員志愿到非洲等地開展幫扶合作，彰顯鼓醫人文博愛。2018年由鼓樓醫院10人參加的第27期援桑醫療隊圓滿完成赴桑給巴爾1年的援外醫療工作任務回到國內，被國家衛健委授予“全國援外醫療工作先進集體”。

2004年以來鼓樓醫院在全國創新性開展人文醫院建設的研究與實踐，提出“建設全優質研究型人文醫院”的目標。2007年建成國內知名的西醫院歷史紀念館，被定為江蘇省對外文化交流基地、南京市愛國主義教育基地。2012年南擴新大樓正式啟用，充分彰顯人性化、現代化、智能化、精細化理念。醫院連續多年位居全省三級醫院患者滿意度前列，被評選為全省群眾滿意的醫療機構。

醫院先后被評為全國醫院管理年先進單位、全國文明單位、優質護理服務考核優秀醫院、衛生系統先進集體、城市醫院文化建設先進集體、衛生系統行業作風建設先進集體、有突出貢獻先進集體、醫院改革創新獎等百余項獎項和榮譽。醫院新大樓榮獲世界建筑新聞獎和魯班獎。2015年榮獲中國醫院管理團隊獎，2016年榮獲中國研究型醫院建設示范單位、全國改善醫療服務示范醫院、全國醫院后勤管理創新先進單位、全國公共機構節能示范單位等。

2017年榮獲國家衛生計生委“2015-2017年進一步改善醫療服務行動計劃”示范醫院、示范科室、示范個人等榮譽。2018年在全省首家通過了HIMMS 6級評審及HIMMS 7級初審，入選全國首批建立健全現代醫院管理制度試點醫院，成為中國醫院品質管理聯盟組織的多維管理工具應用示范醫院，優質研究型人文醫院建設案例榮獲首屆全國醫管精典案例運營管理獎，三元聯動安寧療護工作模式榮獲亞洲醫院管理卓越獎。