1981 年學校獲得國務院學位委員會學士學位和碩士學位授予權；1998 年一次性通過教育部本科教學工作合格評價；2008 年順利通過教育部本科教學工作水平評估并獲優秀等級。

在長期辦學歷程中，學校涌現出一批誨人不倦的知名教授。有創建了我國首個神經病專科病房、撰寫首部神經精神專著的劉貽德教授；有我國定量藥理學創始人之一的孫瑞元教授；有潛心本草研究六十載，輯復了經典名著《新修唐本草》的尚志鈞教授；有國醫大師、全國七名內經專業導師之一的李濟仁教授；有德技雙馨、我校捐贈遺體第一人的汪桐教授。更有一大批愛崗敬業的優秀教師、勞動模范、學科帶頭人和骨干教師。正是一代代皖醫人的薪火相傳、無私奉獻，奠定了學校事業發展的基礎，成為學校最寶貴的辦學資源。

學校現有濱江、赭麓、銀湖三個校區，占地101.13萬平方米，各類建筑面積40 余萬平方米。濱江校區瀕臨長江，綠水環繞，設施齊全，環境優美，徽派建筑風格與現代氣息相得益彰，也是學校辦學的主校區。學校設有16 個二級學院、2 所直屬附院、6 所非直屬附院。其中，第一附屬醫院（皖南醫學院弋磯山醫院）始建于1888 年，由美國基督教會創辦，為安徽省第一所西醫醫院和全國首批三級甲等醫院，是皖南及皖江地區醫療、預防、康復、急救的中心。該院于1926 年創辦“蕪湖醫院護士學校”，1936 年更名為“蕪湖醫院懷讓高級護士職業學校”，曾在國內享有很高的聲譽，時有“北協和、南懷讓”之稱。

學校本科教育涵蓋醫、理、工、管、經、法6 個學科門類，設有26 個專業。研究生教育涉及醫學、理學2 個學科門類，其中，一級學科授權點4個，專業學位授權類別5 個，二級學科授權點29 個（含一級學科覆蓋點）。有國家級特色專業1 個、省級特色專業9 個、國家級專業綜合改革試點專業1 個、省級專業綜合改革試點專業11 個，省級重點學科2 個、“十三五”省臨床優先發展重點專科1 個、省臨床重點專科3 個、省臨床重點培育專科2 個。

學校重視師資隊伍建設和學科帶頭人培養。現有教職醫護員工4000余人，其中專任教師656人，包括高級職稱276人。近年來有7 名教師分別榮膺全國、全省優秀教師光榮稱號，13 人享受國務院特殊津貼，現有省高校學科拔尖人才2 人，省學術和技術帶頭人7 人、后備人選13 人。

學校注重教學科研團隊和平臺建設。現有國家級虛擬仿真實驗教學項目1 個，省級人才培養模式創新實驗區1 個，省級教學團隊8 個，省級卓越人才教育培養計劃7 項，省級精品資源課程23 門，省級示范實驗實訓中心3 個。有國家藥物臨床試驗機構1個、國家中醫藥管理局三級實驗室1 個、省級重點實驗室等省級科研平臺4 個、省級校企合作實踐教育基地4 個，公開出版《皖南醫學院學報》《中國臨床藥理學與治療學》2 種學術期刊。

學校積極開展對外交流與合作，先后與美國、英國、德國等國家以及香港、臺灣地區的高校及研究機構廣泛開展學術合作交流；與美國Barrow神經病研究所、安徽海關（原安徽出入境檢驗檢疫局）、南京軍區南京總醫院、先聲藥業集團等國內企事業單位和科研院所開展實踐教學、科研攻關等方面的合作。

學校始終堅持人才培養中心地位，深化實踐教育、社會責任教育和創新創業教育“三位一體”人才培養模式改革，促進人才培養質量不斷提高。畢業生深受用人單位和社會各界好評，就業率始終保持在97％以上，位居全省高校前列，多次榮獲省就業工作先進單位稱號。建校以來，已為國家輸送了近六萬名醫療衛生人才，為我省乃至全國的醫療衛生事業發展作出了積極的貢獻。

自辦學以來，學校秉承“精醫、尚德、求實、自強”的校訓，發揚“艱苦創業，求實自強，奉獻社會”的皖醫精神，形成了優良的辦學傳統。站在新的歷史起點上，學校將以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，繼續秉承優良辦學傳統，堅持“以本為本”，堅持“四個回歸”，堅持內涵式發展，全面提升辦學實力和人才培養質量，辦好人民滿意的大學，為建設“五大發展”美好安徽、服務人民大眾健康、全面小康做出新的更大貢獻。